Si la venta excede el límite de las 5 UVT, Alegra POS ya emite factura electrónica? Gracias
¡Claro que si! 
Inicialmente debes estar habilitado para emitir facturas electrónicas con Alegra. Acá te comparto una guía de cómo hacer el proceso 
https://ayuda.alegra.com/es/agiliza-la-facturación-del-terminal-de-tu-punto-de-venta-pos-colombia
Una vez esté ese proceso completo, puedes automatizar el sistema para que una vez detecte una venta que supere las 5 UVT, se genere factura electrónica. Acá te dejo otra guía de cómo configurar tu Alegra POS para esto